有人提出，音樂胎教也是存在不足的：

  1、胎教是一種交叉科學，它跨越教育學、醫學和生理學三個門類。醫學中的理論、技術和藥品要用于人類，首先必須經過動物實驗，在沒有問題的基礎上，再進行臨床的三期驗證，證明有無毒副作用。從事胎教理論研究和實際工作的人大多是婦產科的臨床醫生。那么如果說胎教是一種醫療行為，它就必須遵守醫師法，醫師法中的有關要點有兩個，一是行醫者必須是職業醫師，二是采用的方法要經過科學論證，因此我們要考慮，這些人有沒有胎教醫師執照，如果沒有，就屬于非法行醫!

  2、音樂通過母體的傳遞，被胎兒的聽覺神經感受到時已不再是原有意義上的和諧的旋律與節奏，而只是一個單純的物理聲波，是有害的噪聲。

  3、通過刺激，胎兒有所反應的確是事實，但如何證明這是一種良性的，而不是惡性的反應，要給出的嚴格證明是非常復雜的，缺少了這樣的證明的科學只能是偽科學。

  4、從純生理學的角度來看，這些實驗都是不符合生理學原則的，他們根本沒有按生理學原則來設計這些實驗。它所呈現的那些規律要經受時間、空間的考驗，這樣才能稱其為科學。

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